o n k o S T A R

Kapsamlı Kanser Genotipleme

Kapsamlı Kanser Genotipleme Panelleri
Kanserin genetik yapısını DNA, RNA ve protein seviyesinde hassas bir şekilde çözerek, uygun tedavi stratejilerinin geliştirilmesine imkan verir.

Amerika Birleşik Devletleri, Los Angeles şehrinde bulunan CLIA, CAP ve CE sertifikalı genetik laboratuvarımızda Illumina NovaSeq6000 cihazlarında, Yapay Zeka destekli Biyoinformatik analizler ile 7-10 gün içerisinde gerçekleştirilen ve İzmir Genetik Tanı Merkezi kadrosu tarafından raporlanan Kapsamlı Kanser Genotipleme testimiz.

onkoSTAR

  • DNA Sekanslama

    NCCN tarafından analizi önerilen, kanser ile ilişkisi bilinen ve tedavi stratejisi belirlemede bilgi verebilecek 434 genin DNA seviyesinde

  • RNA Sekanslama

    1,600'ün üzerinde genin füzyon protein varlığı ve/veya protein ifade seviyesi belirlenmesi için RNA seviyesinde

  • Single Nucleotife Variants (SNV)

  • Copy Number Variants (CNV)

    Insertion & Deletions (InDels)

  • Gen İfade Seviyesi

  • Füzyon Protein Tespiti

  • Tümör Mutasyon Yükü (TMB)

  • Mikrosatellit Instabilitesi (MSI)

  • Homolog Rekombinasyon Eksikliği (HRD) Skorlaması

  • Met Ekzon 14 Atlaması

  • EGFRvII, AR-v47 ve TERT Promoter Bölgesi Mutasyonları

  • DYPD Gen Polimorfizmleri

    Fluoroprimidin tedavi toksisite analizi için

  • CTLa+, PD-L1 ve PD-L2 RNA Seviye Tespiti

  • B- ve T-Hücre Klonalitesi

  • HPV, EBV ve TTV RNA Analizi

  • HLA Class I Genotiplemesi

  • Tümör Heterojenite Analizi

  • Primer Kökeni Bilinmeyen Kanser (Cancer of Unknown Primary, CUP) Analizi

  • Terapiye Direnç ile İlişkili Genlerin Belirlenmesi

  • Terapi Endikasyonu Olan Genlerin Belirlenmesi (Level 1 - 5, Klinik ve Klinik Dışı)

Kabul Edilen Numuneler

onkoSTAR analizlerimiz, biyopsi doku örneği üzerinde gerçekleştirilebileceği gibi, Kan örneğinde likit analiz olarak veya Beyin Omurilik Sıvısı (BOS) örneğinden de gerçekleştirilebilmektedir.

Analiz Süresi: 10 gün

onkoSTAR analizlerimiz, örneğinizin laboratuvarımıza varmasını takip eden 7-10 gün içerisinde sonuçlanır. Genetik Tanı Merkezimize ulaşan sonuçlarınız üzerinde uzman kadromuzun 1-2 gün süren araştırmaları sonrasında sonuçlarınız hekiminize ve size iletilir.

Tespit Alt Limiti

onkoSTAR analizlerimiz, Hotspot için %1, Non-Hotspot için %3 ve Hx için %0.1 Tespit Alt Limiti ile sizlere arzuladığınız güveni sunar.

HRD Skorlama nedir?

Kapsamlı genomik profilleme (CGP) testlerinde HRD Skorlama, bir tümörün DNA hasarını onarma yeteneğinin bozulup bozulmadığını belirten bir belirteçtir.

HRD, Homolog Rekombinasyon Eksikliği (Homologous Recombination Deficiency) anlamına gelir. Bu skor, sadece BRCA genlerine bakmanın ötesine geçerek, tümörün genetik geçmişindeki “yara izlerini” (genomik kararsızlığı) analiz eder. 

Normal hücreler, DNA sarmalında kırılmalar olduğunda Homolog Rekombinasyon (HR) adı verilen hatasız bir onarım mekanizması kullanır. Eğer bu mekanizma bozuksa (yani HRD varsa), hücre DNA’yı yamalı ve hatalı bir şekilde onarmaya çalışır. Bu hatalı onarımlar genetik kodda kalıcı “yara izleri” (genomic scars) bırakır.

HRD Skoru, bu yara izlerinin ne kadar yoğun olduğunu ölçer.

  • Yüksek HRD Skoru: Tümör hücresinin DNA onarım mekanizması çökmüştür (Genomik kararsızlık yüksektir).

  • Düşük HRD Skoru: Tümör hücresi DNA hasarını tamir etme yeteneğini korumaktadır (Genomik olarak kararlıdır). 

HRD skoru genellikle üç spesifik genomik “yara izi”nin (genomik instabilite göstergesinin) toplanmasıyla hesaplanır:

  • LOH (Loss of Heterozygosity – Heterozigosite Kaybı): Kromozomun bir bölgesindeki genetik malzemenin kaybolması.

  • TAI (Telomeric Allelic Imbalance – Telomerik Allelik Dengesizlik): Kromozom uçlarındaki (telomerlerdeki) gen kopyası sayısında dengesizlikler.

  • LST (Large-scale State Transitions – Büyük Ölçekli Durum Geçişleri): Kromozom parçalarının büyük ölçekte yer değiştirmesi veya kırılması.

Bu üç parametrenin toplamı, Genomik İnstabilite Skorunu (GIS) oluşturur. Test sonucunda genellikle belirli bir eşik değer kullanılır.

Bu skorun onkolojideki en büyük değeri, PARP İnhibitörleri (örneğin; olaparib, niraparib) adı verilen akıllı ilaçlara yanıtı öngörmesidir.

  • Sentetik Letalite (Synthetic Lethality) İlkesi: PARP inhibitörleri, tümörün yedek DNA tamir sistemini bloke eder. Eğer tümörün zaten kendi tamir sistemi bozuksa (Yüksek HRD Skoru), ilaçla birlikte tümörün kaçacak yeri kalmaz ve ölür.

  • Sonuç: HRD skoru yüksek (pozitif) olan hastalar, PARP inhibitörlerinden ve platin bazlı kemoterapilerden çok daha fazla fayda görürler.

Bu en sık karıştırılan noktadır:

  • BRCA1/2 Mutasyonu: HRD’nin bilinen sebeplerinden birisidir. Ancak tek sebebi değildir.

  • HRD Pozitifliği: BRCA mutasyonu olmayan hastalarda da görülebilir (buna “BRCAness” denir). Başka genlerdeki bozukluklar veya epigenetik değişimler de HRD’ye yol açabilir.

Özetle: HRD testi, BRCA mutasyonu taşımasa bile, akıllı ilaçlardan (PARP inhibitörleri) fayda görebilecek daha geniş bir hasta grubunu tespit etmeyi sağlar.

onkoSTAR testinin HRD statü hesaplamasının temelininde (Albitar et al., 2023), hedefli yeni nesil dizileme (NGS) ve makine öğrenimi (Machine Learning – ML) tabanlı yenilikçi bir yöntem bulunmaktadır.

Bu yöntemin (ve dolayısıyla onkoSTAR testinin) sunduğu temel avantajlar şunlardır:

1. Yapay Zeka Destekli Doğruluk Oranı

Bu yöntem, geleneksel manuel hesaplamalar yerine, “eğitilmiş” bir Makine Öğrenimi (ML) algoritması kullanır.

  • Avantajı: Test, BRCA1/2 mutasyonu taşıyan tümörleri “altın standart” olarak kabul eder ve bu tümörlerdeki genomik “yara izlerini” (Kopya Sayısı Değişimleri – CNA) yapay zeka ile öğrenir. 

  • Kanıt: Çalışma sonuçlarına göre, bu ML modeli BRCA1/2 mutasyonu olan vakaları %90 hassasiyet (sensitivity) ve %98 özgüllük (specificity) ile tespit edebilmiştir. Bu, testin yanlış pozitif ve yanlış negatif oranlarının çok düşük olduğunu gösterir. 

2. Rutin ve Maliyet Etkin Uygulama (Hedeflenmiş NGS)

Pek çok HRD testi Tüm Genom (WGS) veya Tüm Ekzom (WES) dizilemesi gerektirirken, bu yöntem rutin klinik kullanımda olan daha dar kapsamlı panellerle çalışabilir.

  • Avantajı: 434 genlik hedeflenmiş bir NGS paneli kullanılarak elde edilen verilerle HRD analizi yapılabilir. 

  • Klinik Fayda: Bu, testin daha hızlı, daha ulaşılabilir ve maliyet açısından daha verimli olmasını sağlar; çünkü ekstra bir tüm genom dizileme işlemine gerek kalmadan, mevcut tümör profilleme verisi üzerinden analiz yapılabilir. 

3. “Gizli” HRD Hastalarını Yakalama Yeteneği (BRCA Negatifler)

Testin en büyük avantajlarından biri, BRCA genlerinde mutasyon olmasa bile (Wild-Type), tümörün davranışsal olarak HRD pozitif olduğunu saptayabilmesidir.

  • Avantajı: Çalışmada, BRCA dışındaki diğer onarım genlerinde (ATM, CDK12, ATR vb.) mutasyon olan hastaların %39’unda, hiçbir gende mutasyon olmayan (Wild-Type) hastaların ise %32’sinde BRCA benzeri yüksek HRD skoru saptanmıştır. 

  • Klinik Fayda: Bu, BRCA testi negatif çıksa bile PARP inhibitörlerinden fayda görebilecek geniş bir hasta grubunun (örneğin epigenetik değişiklikler veya metilasyon nedeniyle HRD geliştirenler) tespit edilmesini sağlar. 

4. Standart LOH Testlerine Göre Daha Biyolojik Bir Yaklaşım

Geleneksel yöntemler genellikle “Heterozigosite Kaybı” (LOH) oranına bakar ve keyfi bir eşik değer (örneğin %16 veya yüksek/düşük) kullanır.

  • Avantajı: Makale, LOH tabanlı skorlamanın keyfi kesme noktaları kullandığını ve bunun her zaman doğru sonucu vermediğini belirtir. Buna karşılık, onkoSTAR’ın kullandığı bu yöntem, belirli bir eşik değerden ziyade, tümörün genomik yapısının BRCA mutasyonlu bir tümöre ne kadar benzediğini (olasılık temelli) analiz eder. 

  • Kanıt: LOH yöntemiyle karşılaştırıldığında %90 oranında uyum göstermiş, ancak LOH’un kaçırabileceği veya yanlış sınıflandırabileceği biyolojik nüansları yapay zeka ile daha iyi ayırt etme potansiyeline sahip olduğu belirtilmiştir. 

5. Düşük Tümör Oranlarında Bile Çalışabilme

  • Avantajı: Bu yöntem, düşük tümör yüzdelerinde dahi güvenilir sonuçlar verir. Bu, klinik pratikte sıkça karşılaşılan arşivlenmiş doku örneklerinin başarıyla analiz edilebilmesini sağlar.

Sağlığınız İçin İlk Adımı Atın!

Genetik sağlığınızı öğrenmek ve geleceğinize dair doğru adımlar atmak için bizimle iletişime geçin. Uzman ekibimiz, sorularınızı yanıtlamak ve size özel çözümler sunmak için burada. İzmir Genetik Hastalıklar Değerlendirme Merkezi olarak, sağlıklı bir yaşam yolculuğunda yanınızdayız.

İLETİŞİM
Bize Ulaşın