Onkoloji, genetik temelli tedavilerin (Hassas Onkoloji) yükselişiyle tarihi bir dönüşüm geçiriyor. Ancak bu tedavilerin temelini oluşturan kapsamlı genomik profilleme (CGP), sıklıkla invaziv, riskli ve tekrarlanması zor olan doku biyopsisi gerektirmektedir. Özellikle tümör dokusunun yetersiz olduğu, erişilemediği veya hastanın durumunun genel anesteziye uygun olmadığı durumlarda, tanı ve tedavi takibi zorlaşmaktadır.
İşte tam bu noktada, devrim niteliğinde bir çözüm ortaya çıkıyor: Likit Biyopsi (Liquid Biopsy). Hastanın kan dolaşımındaki serbest dolaşan tümör DNA’sını (ctDNA) analiz eden bu yöntem, girişimsel yöntem gerekliliğine son vererek, kanser yönetimini kökten değiştirme potansiyeli taşımaktadır.
Yeni yayınlanan bilimsel çalışma [1], BillionToOne’ın geliştirdiği patentli Quantitative Counting Templates (QCT) teknolojisi ile sekanslama berraklığını 1,000 katın üzerinde arttırarak yüksek hassasiyet ve özgüllük oranları sunan Northstar Select likit biyopsi testinin analitik ve klinik validasyonunu sunmakta, özellikle düşük miktarda ctDNA salınımı yapan tümörlerde dahi yüksek hassasiyetle genomik profilleme yapabildiğini kanıtlamaktadır. Bu teknoloji, genomik tanıda bir dönüm noktasına işaret ediyor.
1. Likit Biyopsinin Onkolojideki Kritik Potansiyeli
Likit biyopsi, onkolojik tedavide doku biyopsisinin ulaşamayacağı bir dinamizm ve zamanlama esnekliği sunar.
Tümör Heterojenitesinin Tespiti: Kanserler tek tip hücrelerden oluşmaz; farklı genetik özelliklere sahip alt klonlar içerir (tümör içi heterojenite). Doku biyopsisi, tümörün sadece küçük bir bölümünü temsil edebilirken, kan dolaşımındaki ctDNA, tümörün tamamından (primer tümör ve metastazlar dahil) gelen genetik bilgiyi yansıtır.
Tedavi Direncinin Erken İzlenmesi: Tedavi altındaki tümörler, ilaç direncine yol açan yeni mutasyonlar geliştirir. Likit biyopsi, hastanın takibini zorlaştıran dirençli klonların, klinik olarak ortaya çıkmadan aylar önce tespit edilmesini sağlar. Bu sayede, klinisyenler tedaviyi zamanında değiştirebilir [2].
Minimal Kalıntı Hastalığın (MRD) Tespiti: Kanser tedavisi sonrası (cerrahi veya kemoterapi) vücutta kalan mikroskobik tümör kalıntılarını (MRD) tespit etmek için likit biyopsi en hassas araçtır. MRD pozitifliği, nüks riskini öngörür ve adjuvan tedavinin planlanmasına yardımcı olur [3].
2. BillionToOne Teknolojisi: Quantitative Counting Templates (QCT)
Likit biyopsi testlerinin en büyük zorluğu, ctDNA’nın kanda çok düşük konsantrasyonlarda (%0.1 VAF’ın altında) bulunmasıdır. Standart NGS yöntemleri, bu kadar düşük orandaki mutasyonları “gürültü” olarak algılayıp kaçırabilir.
BillionToOne firmasının geliştirdiği Quantitative Counting Template (QCT) teknolojisi bu engeli aşmaktadır. QCT, geleneksel amplifikasyon yöntemlerinden farklı olarak, her bir DNA molekülünü analiz öncesinde özel, benzersiz bir barkod (template) ile etiketler [1].
Hassasiyet Artışı: Bu barkodlama mekanizması, sekanslama hatalarını (ki bu hatalar düşük VAF’leri taklit edebilir) orijinal moleküllerden ayırt etmeyi sağlar.
Mutlak Sayım: QCT, sadece mutasyonun varlığını değil, kopyalanan her bir molekülü sayarak, ctDNA’nın kanda mutlak konsantrasyonunu son derece doğru bir şekilde hesaplar.
Düşük VAF’ta Yüksek Performans: Makale [1], QCT’nin, özellikle %0.1’in altındaki Varyant Allel Frekanslarında (VAF) standart yöntemlere göre çok daha yüksek hassasiyet ve özgüllük (spesifisite) ile çalıştığını doğrulamaktadır. Bu, erken evre kanserlerde veya düşük ctDNA salınımı yapan tümörlerde tanı koyma oranını önemli ölçüde artırır.
3. Bilimsel ve Etik Sorumluluk: İzmir Genetik’in Rolü
Bu ileri teknolojinin klinik uygulamaya aktarılması, sadece teknik yeterlilik değil, aynı zamanda yüksek etik standartlar ve bilimsel sorumluluk gerektirir.
İzmir Genetik, BillionToOne’ın Northstar Select likit biyopsi testini Türkiye’de sunarken, bu bilimsel ve etik öncelikleri temel almaktadır:
Bilimsel ve Etik Öncelikler: Testin uluslararası standartlarda validasyonunun yapılmış olması [1], klinik raporlamanın ACMG/AMP kılavuzlarına (Varyant Sınıflandırması) uygun olması ve genomik profillemenin sadece mutasyon tespiti değil, aynı zamanda klinik aksiyon alınabilirliğe odaklanması hedeflenmiştir [4].
Etik Öncelik: Likit biyopsi sonuçlarının, hastanın ve hekimin birlikte karar verme sürecini desteklemesi temel ilkedir. Genetik danışmanlık hizmetleri, hem somatik (tümöre özgü) hem de potansiyel germline (kalıtsal) bulguların hasta ve ailesi için tam olarak anlaşılmasını ve doğru yönetilmesini sağlamak için sürece dahil edilmiştir [5]. Bu yaklaşım, sadece biyopsi yapmaktan öte, hastanın tüm genomik yolculuğunu yönetme sorumluluğunu üstlenir.
Sonuç
Likit biyopsi, onkolojide sadece tanı süresini kısaltmakla kalmıyor; aynı zamanda tedavinin dinamik bir süreç olarak yönetilmesine olanak tanıyor. BillionToOne’ın QCT teknolojisi gibi yüksek hassasiyetli teknolojiler, minimal invaziv tanı sınırlarını zorlayarak, kişiselleştirilmiş kanser tedavilerinin erişilebilirliğini artırmaktadır.
Türkiye’deki klinisyenlerin ve hastaların bu son teknolojiye İzmir Genetik aracılığıyla, uluslararası bilimsel ve etik standartlar çerçevesinde ulaşması, ulusal onkoloji pratiklerinin de gelişimi için kritik bir adımdır.
Daha fazla bilgi için bize 0544 436 3845 numaralı telefonumuzdan ulaşabilirsiniz.
Yazar: Akın Sevinç, Ulaş Fıçıcı
Editör: Umut Batuhan Sarı
Referanslar:
1. Bower, X. S., Wignall, J., Varga, M. G., et al. (2025). Validation of a liquid biopsy assay with increased sensitivity for clinical comprehensive genomic profiling. The Journal of Liquid Biopsy.
2. Chennamadhavuni, A., & Kasi, P. M. (2022). Circulating tumor DNA in identifying resistant subclones post EGFR blockade: implications for EGFR rechallenge. Front Oncol, 12:847299.
3. Tie, J., et al. (2020). Circulating tumor DNA analysis to guide adjuvant therapy in colorectal cancer. New England Journal of Medicine, 382(24), 2299-2309.
4. Li, M. M., et al. (2017). Standards and guidelines for the interpretation and reporting of sequence variants in cancer: a joint consensus recommendation of the association for molecular pathology, American society of clinical oncology, and college of American pathologists. J Mol Diagn JMD, 19(1), 4–23.
5. ASCO Policy Statement (2023). Recommendations for genetic testing and precision oncology for cancer patients. Journal of Clinical Oncology.
6. Newman, A. M., et al. (2014). Integrated digital error suppression for improved detection of circulating tumor DNA. Nature Biotechnology, 32(5), 478-485.
