Kanser tedavisinin merkezinde, tümörün genetik profilini anlamak ve hastalığın seyrini gerçek zamanlı olarak takip edebilmek bulunmaktadır. Geleneksel doku biyopsisi yıllardır altın standart olarak kullanılsa da, girişimsel bir operasyon gerektirmesi, tekrarlı uygulamalardaki zorluklar ve tümör heterojenitesini tam olarak yansıtamaması gibi önemli potansiyel kısıtlamaları bulunmaktadır. Son yıllarda onkoloji alanında devrim yaratan likit biyopsi teknolojisi, bu sınırlamaları aşmak için minimal girişim gerektiren ve tümör biyolojisinin kapsamlı moleküler profilini sunan bir alternatif sunmaktadır.
Şöyle ki; Likit biyopsi, kan, idrar, beyin omurilik sıvısı gibi vücut sıvılarından dahi elde edilebilecek tümör kaynaklı biyobelirteçlerin analizini ifade eder. Bu biyobelirteçler arasında tümör dokusu tarafından kan dolaşımına salınmış tümör DNA’sı (ctDNA), yine kan dolaşımında bulunabilecek tümör hücreleri (CTC), ekzozomlar ve diğer tümör kaynaklı moleküller yer almaktadır. Basit bir kan örneğiyle gerçekleştirilebilen bu yöntem, tümörün genetik ve epigenetik özelliklerini minimal risk ve rahatsızlıkla değerlendirme imkanı sağlamaktadır.
Likit biyopsinin klinik alanda uygulama potansiyeli oldukça geniştir. Erken tanıdan hedefe yönelik tedavi seçimine, minimal rezidüel hastalık takibinden ilaç direncinin izlenmesine kadar birçok alanda bizlere önemli bir imkan sunabilmektedir. Özellikle metastatik hastalıklarda, vücudun farklı bölgelerinde bulunabilecek tümör dokularından gelecek genetik materyali bir arada değerlendirerek, doku biyopsisinin sağlamakta sınırlı kalabileceği kapsamlı bir moleküler profil sunabilmektedir. Ayrıca tekrarlı örnekleme imkanı sayesinde, tedaviye yanıtın dinamik olarak izlenmesi ve tedavi stratejilerinin kişiselleştirilmesi mümkün hale gelmektedir.
Bunun yanı sıra; yeni nesil sekanslama teknolojilerindeki hızlı gelişmeler ve dijital PCR gibi hassas moleküler yöntemler de, likit biyopsinin klinik pratikte yaygınlaşmasını hızlandırmaktadır. Bugün birçok kanser türünde FDA onaylı likit biyopsi testleri kullanılmakta ve bu alandaki araştırmalar hızla devam etmektedir. Gelecekte likit biyopsinin, rutin kanser taraması, erken teşhis ve kişiselleştirilmiş tedavi yaklaşımlarının temel taşlarından biri olması beklenmektedir.
QCT TEKNOLOJİSİ
2023 yılında gerçekleşen en önemli 10 genetik buluştan birisi olarak gösterilen Quantitative Counting Template (QCT) teknolojisi, likit biyopsi analizlerinde gerçek molekül düzeyinde sayım yapılmasını sağlayarak sinyal gürültü oranını belirgin biçimde (1,000 kata kadar) iyileştirir. Bu yöntem, PCR çoğaltımından kaynaklanan kopyaları ayırt edip özgün DNA molekülünü tanımladığı için amplifikasyon hatalarını büyük ölçüde elimine eder ve düşük varyant fraksiyonlarının yüksek doğrulukla ayrıştırılmasına olanak tanır.
Analiz kapsamı geniştir: Tek nükleotid değişimleri (Single Nucleotide Variations, SNV), Ekleme ve silinme varyasyonları (Insertions and Deletions, InDel), Kopya sayısı değişiklikleri (Copy Number Variations, CNV), Gen füzyonları ve diğer yapısal yeniden düzenlenmeler…
Bu sayede tümör biyolojisinin temel bileşenleri yüksek çözünürlükte ortaya koyulur. Sıvı biyopsi yalnızca mutasyon saptayan bir yöntem değildir. ctDNA dinamik bir biyo-belirteçtir ve tümör yükündeki değişimi doğrudan yansıtır. Böylece tedavi yönetiminde gerçek zamanlı bir izlem aracı olarak kullanılabilir.
Temel klinik katkılar:
- Hedefe yönelik tedavilere uygunluk için biyobelirteç incelemesi,
- Tedavi yanıtının erken dönemde değerlendirilmesi,
- Direnç mutasyonlarının ortaya çıkışının izlenmesi,
- Minimal rezidüel hastalığın (MRD) hassas tespiti,
- Cerrahi veya invaziv örneklemenin mümkün olmadığı durumlarda moleküler profilin elde edilmesi.
Bu avantajlar akciğer, kolon, meme ve prostat kanserleri gibi birçok tümör tipinde klinik uygulamaya girmiş durumdadır.
Sıvı biyopsi teknolojisi, mevcut analiz kapasitesinin ötesine geçen yeni moleküler katmanların entegrasyonu ile hızla gelişmektedir. ctDNA profilini yalnızca mutasyon temelli bir değerlendirme olmaktan çıkarıp daha geniş bir biyolojik veri setine dönüştüren bu yaklaşım, tümörün yapısal ve davranışsal özelliklerini daha doğru şekilde anlamayı mümkün kılar. Bu kapsamda özellikle aşağıdaki ek moleküler parametreler önem kazanmaktadır:
- ctDNA analizine fragmentomik verilerin eklenmesiyle fragman uzunluğu ve kesim paternlerinin değerlendirilmesi.
- Metilasyon analizinin entegre edilmesiyle tümörün kökeni ve doku tipinin belirlenmesi.
- Epigenetik imza çözümlemesinin kullanılmasıyla tümörün biyolojik davranışı ve evrimsel özelliklerinin ayrıntılı anlaşılması.
Bu moleküler katmanların birlikte değerlendirilmesi, sıvı biyopsiyi tek boyutlu mutasyon analizinin ötesine taşıyarak çok katmanlı bir genomik inceleme aracına dönüştürmektedir. Böylece teknolojinin klinik kullanım alanı genişlerken, hastalığın erken evresinden direnç gelişimine kadar olan süreçlerin daha hassas biçimde izlenmesi mümkün hâle gelmektedir.
Likit biyopsi uygulamasında QCT teknolojisini kullanan kapsamlı genomik profilleme testlerimiz hakkında daha fazla bilgi almak isterseniz, mutlaka yorumlarda bizimle iletişime geçiniz.
Yazar: Akın Sevinç
Editör: Umut Batuhan Sarı
